Bis zum 20. Jahrhundert war das im Osten unter dem Hochchor gelegene Gewölbe die einzige Krypta der Essener Münsterkirche.

Sie entstand nach einer Weiheinschrift an der östlichen Außenwand im Auftrag der Äbtissin Theophanu  (amt. 1039–1058) und wurde 1051 vom Kölner Erzbischof Hermann II., einem Bruder Theophanus, geweiht. Außer der Weiheinschrift befinden sich an der Ostwand drei weitere Steinplatten mit den Namen der Heiligen, deren Reliquien früher in den drei Altären der Krypta geborgen waren. Die Krypta besteht aus zwei Bauteilen: einer von vier Pfeilern in neun Gewölbefelder gegliederten Innenkrypta und einer reich ausgestalteten Außenkrypta, deren vier Pfeiler den Raum in eine fünfschiffige, zweijochige Halle unterteilen.

Theophanu ließ östlich der Krypta eine kleine Grabkapelle für sich selbst anbauen. Bei Ausgrabungen in den 1950er Jahren fand man hier ihren Sarkophag. In der Krypta wurden auch mehrere Essener Äbtissinnen bestattet.

Das Hochgrab aus der Zeit um 1300 birgt die Gebeine des Heiligen Altfrid. Der (Mit-) Begründer des Essener Stiftes wurde nach seinem Tod im Jahr 874 in der Stiftskirche bestattet. Dass er als Ort für sein Begräbnis die Essener Stiftskirche bestimmte, spricht  für die große Bedeutung, die das Frauenstift für diesen einflussreichen Bischof hatte.